Le sobreviven sus tres hijos: Fermín, Adriana y John, y sus seis nietos: Anthony, Isaac, Aldo, Roy Jr., Adrián y Ryan.
Fue precedido en muerte por sus padres, María Concepción Trejo de León y Juan Trejo Lara, su esposa Verónica González, sus hermanas Socorro Trejo, María de la Luz Trejo, y su hermano Jesús Trejo. También le sobreviven sus hermanos: Elíasar Trejo, Fermín Trejo, Gregorio Trejo, Margarito Trejo, María Trejo y Napoleón Trejo.
Juan será recordado por ser un hombre muy bueno y generoso, que amaba profundamente a sus hijos y a sus nietos.
